A hokkaido egészsége

Collie szem anomália
Jelenleg a fajtában ismert legelterjedtebb rendellenesség a nem progresszív genetikai mutáció, az úgynevezett Collie Eye Anomaly vagy CEA. Számos látásproblémát okozhat, beleértve a mélységérzékelés elvesztését, a látásromlást és ritka esetekben a teljes vakságot.  Becslések szerint a CEA-mutáció által genetikailag érintett kutyák közel 90%-a vagy nem mutatja a rendellenesség fizikai jeleit, vagy a pszichés tünetek nagyon enyhék.
Szívzörej
Japánban több kutya esetében számoltak be szívzörejről, ami elég ahhoz, hogy a japán tenyésztők elkezdték tesztelni tenyészkutyáikat. A szívzörejről leegyszerűsítve akkor beszélünk, amikor a szívben a véráramlása zavart okoz. Többféle típusra bonthatók, például stilisztikai (zörej, amikor a szív összehúzódik), diasztolés (zörej a szívverések között) és folyamatos (zörej a szívverés teljes ciklusa alatt). Innentől kezdve egy súlyossági skálán osztályozzák őket: egytől hatig, ahol az egyik a legkevésbé súlyos, a hat pedig a legsúlyosabb.
Csípő diszplázia
A jelenlegi amerikai és európai eredmények alapján ez a fajta is hajlamos a csípőízületi diszpláziára. Ez egy összetett, többtényezős tulajdonság, amely mind a fajtatiszta, mind a vegyes fajtájú kutyák nagy százalékát érinti. A csípődiszpláziára hajlamos kutyák normál csípővel születnek, de gyorsan kialakul a combcsontfej subluxációja. A degeneratív ízületi betegség jellemzően a kutya életének első évében következik be. 
Idiopátiás / epilepsziás rohamok
Ez egy genetikai zavar, amelyben a rohamok azonosítható ok nélkül jelentkeznek. A roham az agy neuronjainak hirtelen túlzott elektromos kisülése. Ez az egyébként akaratlagos izomzat akaratlan összehúzódásainak gyors sorozatát eredményezi. A kutyáknál a tünetek jellemzően 6 hónapos és 6 éves kor között jelentkeznek. Ez egy gyógyíthatatlan rendellenesség.